Работа посвящена теоретическому исследованию механизма АТФазной активности белка RecA который является одним из центральных белков участвующих в реакции гомологической рекомбинации у прокариот. Аналоги этого белка существуют во всех организмах начиная от архебактерий (RadA) заканчивая эукариотическими организмами (Rad51).
Читать далее…
Анализ полиморфизма ISSR-PCR маркеров (фрагментов ДНК, фланкированных инвертированными повторами микросателлитных локусов) широко применяется для решения задач общей и частной генетики. Их использование основано на предположении о том, что в геноме микросателлитные локусы распределены случайно и их полиморфизм сходен. В то же время накапливаются данные о том, что полиморфизм существенно отличается от одного микросателлита к другому. Читать далее…
Лингвистическая симметрия текстов хромосомных ДНК прокариот, архей и эукариот универсальна, ее легко обнаружить, сравнивая частотные словари первой и второй цепей, полученные методом скользящей рамки при ее длине N= 3-^12. Корреляции по Пирсону частот встречаемости строк в парах цепей, в подавляющем большинстве случаев можно расценивать как сильные или очень сильные.
Читать далее…
Viruses are exceptionally diverse in morphology, replication strategies, genetic organization and other characteristics. In current RNA Virus Taxonomy multiple species demarcation criteria are applied to accommodate molecular and phenotypic diversity. These periodically revised criteria, which are developed by experts, hinder efficient and objective classification of both newly identified and already recognized RNA viruses. Virus species recognized by current taxonomy tend to form compact clusters in phylogenetic trees. Phylogenetically based pair-wise genetic distances offer a resort from drawbacks of existent Virus Taxonomy. These probability-based distances represent a robust and objective criterion for demarcation of species level to achieve a comprehensive classification of viruses from a particular family.
Читать далее…
Протимозин а (ПроТа) – мультифункциональный ядерный белок, обладающий свойствами онкобелка. Для исследования механизмов его функционирования было решено получить клеточные линии с повышенным и пониженным уровнем ПроТа с целью анализа влияния этого белка на экспрессию генов, а также на чувствительность клеток к окислительному стрессу.
Читать далее…
Цистеиновые пептидазы семейства С1 (семейства папаина) — большая группа гидролаз различного происхождения, содержащих в активном центре остаток цистеина и обладающих сходством первичной и пространственной структуры [1].
Задачей работы являлся анализ первичной и пространственной структуры различных цистеиновых пептидаз семейства С1 с целью выявления возможных отличий в их субстратной специфичности. Особый интерес представлял анализ локальных изменений в структуре субстрат-связывающей области.
Читать далее…
Внастоящее время новые лекарства разрабатываются преимущественно для уже известных белков-мишеней [1] путем подбора химических веществ, специфически связывающихся с этими мишенями. Проблема поиска новых мишеней лекарственных средств – это актуальная задача современной фармакологии. В последние годы были предложены биоинформатические подходы к поиску мишеней. В частности, предложено использовать анализ сетей коэкспрессии, которые отражают динамическую структуру транскриптома тканей и клеток человека при патологии. Предполагается, что потенциальные мишени следует искать в модулях коэкспрессии, связанных с патологическими процессами, а точнее, среди хабов, т.е. генов с высокой связностью, в пределах этих модулей [2]. Целью данной работы являлось проверить справедливость этого предположения на примере уже известных мишеней лекарственных средств.
Читать далее…
Аннотации белковых и нуклеотидных последовательностей, а также сами последовательности хранятся в базах данных под уникальными идентификаторами. Эти идентификаторы, обычно мало информативны в человеческом общении, поэтому они заменяются в публикациях и презентациях на более содержательные имена. Такие замены часто совершаются вручную, что отнимает время и приводит к ошибкам и неточностям.
Читать далее…
Loading ...