Известно, что у многих организмов вторичная структура РНК оказывает значительное влияние на процессы транскрипции и трансляции, однако влияние таких структур на процесс сплайсинга до сих пор систематически не изучено. В настоящее время экспериментально показано наличие порядка 15 случаев участия вторичной структуры в регуляции сплайсинга у различных организмов (дрожжи, растения, насекомые и позвоночные). Также прослеживается связь вторичных структур с такими патологиями человека, как мышечная дистрофия, кистозный фиброз и паркинсонизм. Помимо экспериментальных методов, для изучения вторичных структур применяются различные биоинформатические подходы.
Читать далее…
Мальцев А.Ю.
Тихоокеанские благородные лососи рода Parasalmo обитают в водоемах Азиатского и Американского побережий бассейна Тихого океана. В Северной Америке они весьма разнообразны в таксономическом плане, в водоемах Азии единственный представитель этой группы рыб – микижа, малочисленен и не исследован в полной мере. Данный вид имеет сложную популяционную структуру, которая формируется фенотипами резидентной и мигрантной жизненных стратегий (Павлов и др., 1999). В свою очередь, на основе времени нерестовой миграции внутри проходной формы выделяются расы: созревающая в реке – озимая (заход в реку – май-октябрь), и созревающая в океане яровая (заход в реку – ноябрь-апрель) (Савваитова и др., 1999). В Америке встречаются обе расы, в то время как на Камчатке только озимая.
Читать далее…
РНК-интерференция – это механизм избирательного ингибирования экспрессии белков путем расщепления их матричной РНК (мРНК). Целью работы является изучение возможности применения механизма РНК-интерференции на культуре мышечных клеток млекопитающих. Применение малых интерференционных РНК (миРНК) может стать доступным и удобным подходом для исследования функций отдельных белков в исследуемых типах клеток. Исследования проводились на культуре гладкомышечных клеток из аорты крысы, миобластах С2С12 скелетной мускулатуры мыши, а также на дифференцирующихся миотубулах клеток С2С12. В основные задачи работы входил подбор наиболее подходящих реагентов и условий для обеспечения транспорта (трансфекции) последовательности миРНК в исследуемые клетки. В качестве критериев эффективности трансфекции рассматривались выживаемость клеток и эффективность переноса миРНК через клеточную мембрану. Были протестированы трансфицирующие реагенты, содержащие полимерный компонент: jetPEItm (Polyplus transfection), DreamFecttm (OZ Biosciences). Также были использованы реагенты MetafectinetmPRO (Biontex) и Lipofectaminetm2000 (Invitrogen), которые имели основу липидного состава. Проведенные тесты показали наименьший цитотоксический эффект при использовании реагента jetPEI, имеющего в своем составе полиэтиленимин, при проведении обратной трансфекции гладкомышечных клеток аорты крысы и прямой трансфекции миобластов С2С12 и миотубул. Для оценки эффективности трансфекции использовали двухцепочечную короткую РНК (siGLORiscFree RNA, Dharmacon), несущую флуоресцентную метку Cy3 (λвозбуждения=543нм, λэмиссии=570нм). Поступление меченой миРНК в клетки регистрировали при помощи лазерного сканирующего конфокального микроскопа Leica TCS SP. Эффективность трансфекции была близка к 100% для всех объектов исследования – гладкомышечных клеток, миобластов и миотубул С2С12. Дальнейшие исследования показали принципиальную возможность избирательного подавления в изучаемых мышечных клетках уровня мРНК отдельных белков по механизму РНК-интерференции. Была использована миРНК, последовательность которой направлена на подавление в исследуемых клетках экспрессии глицеральдегидфосфатдегидрогеназы (ГАФДГ). Для оценки уровня мРНК в трансфицированных и контрольных образцах клеток был применен метод количественной полимеразной цепной реакции (real-time PCR). По данным количественной полимеразной цепной реакции, через 48 часов после трансфекции данной миРНК, уровень мРНК ГАФДГ в скелетных миобластах и миотубулах уменьшился до 20 раз относительно контроля. Результаты проведенной работы показывают возможность эффективного транспорта коротких двухцепочечных интерференционых РНК в клетки скелетной и гладкой мускулатуры с целью подавления уровня мРНК исследуемых белков-мишеней и определения их функциональной роли во время прижизненного исследования клеток. Подбор оптимальных условий трансфекции с низким цитотоксическим эффектом обеспечивает возможность постановки на этих клетках последующих физиологических экспериментов.
Топлива на основе керосина применяются в воздушном и наземном военном транспорте, гражданской авиации и в паре с кислородом в ракетоносителях типа «Союз» и «Молния». Химически топлива на основе керосина представляют собой сложную смесь органических соединений, где 19,5% составляют ароматические, 2,0% алкеновые, 45,0% циклановые и 33,5% алкановые углеводороды. Несмотря на то, что доказано пневмотоксическое, иммунотоксическое и нейротоксическое действие паров керосинового топлива на млекопитающих, эффекты его воздействия на печень практически не изучены.
Читать далее…
Одним из фундаментальных свойств живых систем является накопление стабильных изотопов биогенных элементов, осуществляемое в результате процесса биологического фракционирования. Однако вплоть до настоящего времени остается неизвестным,
влияет ли на проявления жизнедеятельности замена или изменение концентрации стабильных изотопов в составе живой системы.
Читать далее…
Арзуманян Е.С.
Многие нейродегенеративные и сердечно-сосудистые заболевания сопровождаются повышением содержания гомоцистеина (ГЦ) и гомоцистеиновой кислоты (ГЦК) в спинномозговой жидкости и плазме крови (1). В исследованиях на нейронах было показано, что гомоцистеиновая кислота увеличивает уровень кальция и вызывает рост свободных радикалов в клетке (2). Токсическое действие, оказываемое гомоцистеиновой кислотой, также может реализовываться через клетки эндотелия и клетки крови. Действие гомоцистеиновой кислоты на эритроциты до сих пор остается не изученным. Одним из методов иллюстрирующих устойчивость эритроцитов к повреждающим воздействиям является измерение их гемолитической устойчивости (3). Устойчивость эритроцитов к гемолитическому воздействию является интегральным параметром, характеризующим их целостность и жизнеспособность, а также критерием их физиологического состояния. Нами впервые было показано, что гомоцистеиновая кислота ускоряет скорость осмотического и кислотного гемолиза эритроцитов человека и крысы. Этот эффект реализуется в области концентраций, соответствующих условиям гипергомоцистеинемии и может вносить существенный вклад в реализацию токсического действия гомоцистеина и его производных (1). Обсуждаются способы защиты эритроцитов от повреждающего действия гомоцистеиновой кислоты.
Читать далее…
Исследование целого организма или его органа чрезвычайно затруднительно. Метод клеточных культур позволяет обойти многие трудности экспериментов in vivo. Клетки сетчатки способны продолжать свой рост in vitro, образуя контакты между собой. Показано, что при культивировании в монослое, в первичной культуре снижается разнообразие клеточных типов, так как клетки с большим пролиферативным потенциалом вытесняют другие [1]. Этого недостатка лишен метод органотипического эксплантационного культивирования, так как при его применении сохраняется не только цитоархетиктоника ткани, но и взаимосвязи между клетками, что особенно важно при моделировании развития сетчатки, влияния на нее ростовых факторов [2]. В нашей работе мы использовали прикрепленные органотипические культуры сетчатки новорожденных крыс линии Wistar для изучения влияния трофических факторов на клетки эксплантатов сетчатки. Культивирование проводили в течение 30 сут. в стандартных условиях [3] в модифицированной среде DMEM/F12, содержащей 7% ФБС, EGF, FGF, с добавкой BDNF 100нг/мл; PEDF 5 нг/мл; «Авастином» 2.5 мг/мл, либо в среде без добавок. На 30-е сут. образцы фиксировали в 4% параформальдегиде на ФСБ. Для иммуногистохимического анализа использовали антитела к GFAP (Sigma, G9269), к Р III тубулину (Chemicon, MAB1637) и фактору Виллибранта (Sigma F3520). В присутствии BDNF из эксплантата преимущественно выселялись нейроны и глиальные клетки, а в контроле – только глиальные. Под действием BDNF нейроны формировали длинные ветвящиеся отростки, в том числе собранные в крупные пучки. В контроле отростки нейронов были немногочисленны и не ветвились. При культивировании с PEDF возрастал пролиферативный потенциал глиальных клеток, интенсивнее шло их расселение за зону эксплантата, зона распространения глиальных клеток превышала диаметр эксплантата в несколько раз, по сравнению с контролем активнее шла миграция нейральных клеток. Для исследования влияния VEGF на культуры сетчатки использовали коммерческий препарат «Авастин» – моноклональные антитела класса IgG против VEGF. При культивровании с «Авастином» наблюдалась активная миграция как нейральных, так и гиальных клеток и их расселение по значительной площади, не превышающей, однако таковую при воздействии PEDF. Практически отсутствовала экспрессия эндотелиальных маркеров клетками эксплантата в присутствии фактора. В опытной группе нейральные клетки активно образовывали разветвленные нейриты. Таким образом, была показана способность эксплантационных культур сетчатки реагировать на ростовые факторы усилением процессов дифференцировки нейрональных клеток, их миграции вместе с глиальными клетками, формирование длинных ветвящихся нейритов. Это дает возможность использовать данный тип культур как адекватную модель для проведения предклинического тестирования различных препаратов, направленных на изменение соотношения ростовых факторов.
Читать далее…
Цель исследования: разработать и апробировать способ вычисления ошибки дистанции МакАйнерни.
Материалы и методы. Предлагаемый способ вычисления ошибки дистанции МакАйнерни (Djk=Djk/nSDSE)предусматривает первоначальное определение отклонения (SDDjk) следующим образом: SDDjk=(∑2)/nd, где =−MVdBB, B =(RSCUabsVji − ki)/ы)1 п, n – число пар сравниваемых признаков. Для апробации предлагаемого способа проанализированы взятые с сервера NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) последовательности мРНК, кодирующие ряд митохондриальных белков (субъединицы 1— 6, 4L НАДН-дегидрогеназы (НАДН-ДГ), цитохром b, субъединицы 1-3 цитохром-с-оксидазы (ЦО), субъединица 6 АТФ-синтазы) человека и трихинеллы (Trichinella spiralis). В качестве контроля использованы мРНК, кодирующие аналогичные белки свободноживущего круглого червя цианорабдитис (Caenorhabditis elegans). Показатели RSCU рассчитаны при помощи программы MEGA 3 [1]. Сходство стратегий кодирования изучаемых белков в мРНК определено по дистанции МакАйнерни [2] с вычислением ошибки предлагаемым способом.
Читать далее…
Loading ...