BioScience Blog – Научный Биологический блог

Скиба Ю.А., Ахметоллаев И.А., Исмагулова Г.А. и др.

Институт молекулярной биологии и биохимии им. Айтхожина, Алматы (Казахстан), Национальный центр проблем туберкулеза, Алматы (Казахстан).

E-mail: abiks_y@mail.ru

Молекулярное типирование изолятов Mycobacteriumtuberculosisявляется отличным инструментом в понимании эпидемиологии туберкулеза. Подобное исследование молекулярно-генетического разнообразия штаммов M. tuberculosis. циркулирующих на территории Республики Казахстан (РК), как по географическому охвату выборки. так и по числу вариабельных локусов генома никогда до этого не проводилось. В результате исследования сформирована коллекция из 160 образцов геномной ДНК клинических штаммов M.
tuberculosis, выделенных от больных легочным туберкулезом из 8 областей РК. Все штамы предварительно охарактеризованы по устойчивости к основным противотуберкулезным препаратам. Проведен анализ числа тандемных повторов в 24 локусах генома клинических изолятов по методике, признанной стандартом молекулярно-генетического типирования M. tuberculosis, предложенной P. Supply и коллегами. Все полученные результаты занесены в информационную базу данных и сопоставлены с мировыми базами. Наиболее полиморфными для данной выборки оказались локусы ETR-A, ETR-С, MIRU-10, MIRU-26, MIRU-31, M-tub21, QUB-11b. На основании полученных VNTR профилей определены 78 генотипов, 52 штамма имеют уникальный профиль, остальные объединены в 26 кластеров. В ходе анализа обнаружен кластер, имеющий не представленное в Интернет базах данных количество повторов в локусе MIRU-10 равное 11.

С помощью метода MIRU-VNTR-анализа впервые получена информация о молекулярно-генетическом разнообразии клинических штаммов M. tuberculosis, что дало возможность определить клинико-эпидемиологическое значение тех или иных штаммов, циркулирующих на территории Республики Казахстан.