BioScience Blog – Научный Биологический блог

Вестественной среде обитания доступные бактериям источники азота различаются по количеству и химическому составу. Для их эффективной ассимиляции микроорганизмы выработали различные системы регуляции, которые отвечают на изменение доступности азотсодержащих соединений и контролируют экспрессию определенных групп генов. Результатом этого является синтез различных вне – и внутриклеточных ферментов и белков, а также изменение азотного метаболизма внутри самой клетки. Читать далее…

Зима – сложное время для животных, обитающих в водоемах. Большинство водоемов покрывается толстым слоем льда, и связь водных экосистем с наземными нарушается. Замерзание водоемов в наших широтах определяет неблагоприятные экологические факторы, действующие в водоемах зимой: отсутствие света подо льдом (действует в основном на растения, но также на гидр и губок); недостаток растворенного кислорода и невозможность дышать атмосферным воздухом; недостаток пищи для многих водных организмов (для тех, кто питается планктоном, водными растениями и т.п.); риск вмерзания в лед и разрыва живых клеток его кристаллами. Цель работы: проанализировать приспособления водных животных к переживанию зимы и выделить основные группы обитателей водоемов в связи с данными приспособлениями. Использован собственный материал, собранный в феврале 2008 и 2009 гг. в пруду городского парка г. Саратова, р. Волги, и данные литературных источников. Отбор проб

Читать далее…

Инсуляторами называют регуляторные элементы в геноме высших эукариот, которые обладают двумя основными свойствами: во-первых, инсулятор, находящийся между промотором и энхансером, способен блокировать активирующее действие энхансера на данный промотор; во-вторых, инсулятор способен предотвращать распространение гетерохроматина. Последнее свойство инсуляторов получило название барьерной активности. Барьерная активность инсуляторов может выражаться как в способности блокировать репрессионные сигналы, идущие от сайленсеров, так и в свойстве защищать трансгенные конструкции от «эффекта положения». Мы протестировали недавно открытый в нашей лаборатории инсулятор WARI, находящийся непосредственно за геном whiteу Drosophilamelanogaster, на способность блокировать репрессию генов yellowи mini-white, опосредованную известным сайленсером PRE Ubx. Мы показали, что WARI-инсулятор может блокировать действие сайленсера PRE Ubx, причем барьерная активность зависит от расстояния между инсулятором и защищаемым промотором. Более того, мы обнаружили, что мутации по генам su(Hw) и e(y)2 влияют на способность WARI-инсулятора нейтрализовать действие сайленсера, но не играют роли в энхансер-блокирующей активности инсулятора.

Моделирование процессов регуляции экспрессии генов у бактерий – актуальная задача. Массовый счет на основе таких моделей позволяет оценить сами модели, сравнивая результаты счета с известными данными, и, с другой стороны, позволяет предсказать новые регуляторные сайты.

Читать далее…

Нами разработан экспериментальный метод селекции, идентификации и картирования потенциальных энхансерных элементов внутри длинных геномных последовательностей. Предложенный метод позволяет проводить одновременный поиск всех элементов, проявляющих энхансерную активность, среди множества коротких фрагментов ДНК, перекрывающих исследуемую область генома. Используемый в работе подход основан на способности энхансеров активировать промотор репортерного гена. Читать далее…

Расшифровка и анализ геномов организмов предоставили важную информацию о механизмах функционирования живых систем. Однако этих данных оказалось недостаточно для полного понимания всех процессов, происходящих в клетке. Следующим шагом в развитии системной биологии стала протеомика, в задачи которой входит изучение белкового состава клетки, а также локализации, функций и взаимодействий белков. Эукариотическая клетка содержит огромное количество различных белков, поэтому идентификация протеома целой клетки затруднена. В связи с этим целесообразным является разделение такой сложной смеси белков на подмножества – протеомы органелл.

Читать далее…

Экосистема Каспийского моря является единой. Это единство поддерживается активной горизонтальной и вертикальной циркуляцией вод, а также миграциями рыб и тюленей, охватывающими всю акваторию. Показательным примером единства экосистемы моря является ее реакция на вселение гребневика мнемиопсиса. Гребневик зимует на юге, около иранского побережья, а летом благодаря течениям успевает распространиться на всю акваторию вплоть до взморья. Экосистема Каспийского моря, будучи единой, состоит из нескольких подчиненных экосистем. Читать далее…

Бобры не используют в полном объеме заготовленную и складируемую ими древесно-кустарниковую растительность. Перегнивая, заготовленный корм, как и продукты метаболизма бобра, обогащают воду органическими и минеральными веществами, способствующими обильному развитию планктона и растительности в непроточных водоемах. Со временем эти вещества в виде ила накапливаются в донных отложениях, что оказывает влияние на макрозообентосную биоту. Читать далее…